Den FC Basel führte Vogel als Cheftrainer dank eines Coups über Manchester United im Herbst 2011 bis in die Achtelfinals der Champions League und holte mit dem Verein am Ende jener Saison auch das Double. In der Folgesaison verpasste Basel allerdings die Qualifikation für die Königsklasse, Vogel musste dann schon im Herbst gehen.

Danach folgte die Rückkehr zu Bayern München. Bei den Bayern hatte Vogel, der seine Karriere als Aktiver verletzungsbedingt früh beenden musste, bereits zu Beginn seiner Trainerkarriere im Nachwuchs gearbeitet.