Mueller begründete dies in am Dienstag eingereichten Gerichtsdokumenten unter anderem mit der «bedeutenden Unterstützung» Flynns bei den Russland-Ermittlungen.
Dazu gehörten «Informationen aus erster Hand über den Inhalt und Kontext der Beziehungen zwischen dem Übergangsteam und russischen Regierungsvertretern».
Unter Berufung auf 19 Befragungen Flynns durch Muellers Büro und andere Ermittler forderte der Sonderermittler das Gericht daher auf, Flynn nicht zu einer Haftstrafe zu verurteilen.
Mueller untersucht mögliche illegale Kontakte von Trumps Wahlkampfteam nach Russland während des US-Präsidentschaftswahlkampfs 2016.
Flynn hatte sich vor gut einem Jahr schuldig bekannt, bei FBI-Vernehmungen vorsätzlich falsche Angaben über Kontakte mit dem damaligen russischen Botschafter in den USA, Sergej Kisljak, gemacht zu haben.
Mit Kisljak sprach Flynn im Dezember 2016 widerrechtlich über US-Sanktionen gegen Moskau und ein bevorstehendes Votum über eine Uno-Resolution zur israelischen Siedlungspolitik, obwohl noch Trumps Vorgänger Barack Obama im Amt war.
Nach US-Medienberichten hätte Flynn eine Gefängnisstrafe von bis zu fünf Jahren gedroht. Wegen der Kooperation hatte Mueller Strafmilderung und eine Haftstrafe von maximal sechs Monaten in Aussicht gestellt.
Flynn war das erste Mitglied der Trump-Regierung, das sich im Zuge der Nachforschungen von Sonderermittler Robert Mueller schuldig bekannt hat. Medienberichten zufolge will das Gericht am 18. Dezember ein Urteil fällen.
US-Präsident Donald Trump hat die Ermittlungen wiederholt als Hexenjagd kritisiert.